knitr package と RStudio (2)

　では、knitrパッケージとRStudioを利用して、解析のコメント、コマンド、結果、グラフまでを一つのHTMLファイルに表示する方法を見ていきましょう。
（実際にやってみようとしていて、knitrとRStduioをまだインストールしていない方はこちらを見てインストールしておいてください。）

　今回ご紹介する方法はWindows7Pro(64bit), RStudio (32bit) ver.0.97.551 , R ver. 2.5.3, knitr ver. 1.2を使用しています。

　作業の流れは以下の通りです。

　　　１．Markdownファイルのテンプレートを作成する。

　　　２．knitrを利用してHTMLを作成する。

１．Markdownファイルのテンプレートを作成する。
RStudioのウィンドウの左上にある新規作成のボタンを押すと全部で７種類のファイル形式が表示されます。今回はこの中の[R Markdown]を選びます。

　すると[Untitled1]という名前のRMarkdownファイルが作成されます。

　既にテンプレートとしてタイトル、コメント、コマンドシンタックスの例が書き込まれています。
ここで大事なポイントは、```{r}　と``` で囲まれている部分です。この囲まれている部分（チャンクと呼ばれています）の部分をコマンドと認識するわけです。　二つ目のチャンクのように　ｒの後ろにいろいろなオプションコマンドを足すことができるようです。


２．knitrを利用してHTMLを作成する。
　では、このテンプレートをそのまま利用して、HTMLファイルを作成します。
実はとても簡単で、画面の上の方に[knit HTML]という編み物のアイコンがついたボタンがありますので、これを押すだけです。

ボタンを押すと[Save File]のダイアログボックスが現れますので、保存したい場所に保存したい名前で保存します。保存すると.rmd,.md,.htmlという3つのファイルが保存されているはずです。
そして、プレビューとしてHTMLファイルが表示されます。

　タイトルとコメント部分に加えて、グレーの網掛けになっているコマンドシンタックスと囲みになっている出力部分が表示されます。そして、グラフもプロットコマンドの直後に表示されます。これを保存しておけば、コメント、コマンド、出力、グラフを簡単に見直すことができます。そしてHTMLファイルの良い点として日本語文字をすぐに表示できることがあります。

上のテンプレートを利用して作成した日本語の例をこのブログに張り付けると次のように表示されます。

タイトル

これは R Markdown 文書です。

exampledata = data.frame(実施回 = seq(1, 10), 結果 = seq(from = 100, to = 190, by = 10))
summary(exampledata)

##      実施回           結果    
##  Min.   : 1.00   Min.   :100  
##  1st Qu.: 3.25   1st Qu.:122  
##  Median : 5.50   Median :145  
##  Mean   : 5.50   Mean   :145  
##  3rd Qu.: 7.75   3rd Qu.:168  
##  Max.   :10.00   Max.   :190

グラフを挿入することもできます。

plot(exampledata)

　次回は、このような出力をＰＤＦファイルとして保存する方法を紹介します。